非淋菌性尿道炎虽然症状较淋病轻，但危害并不比淋病小。由于症状较轻，很多病人不规范治疗，使炎症反复发作，增加了治疗的困难。对男性而言，除了造成不适和痛苦外，还可并发前列腺炎、精囊炎甚至附睾炎。如传染女性，除引起尿道炎外，还可并发子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎等。以上并发症的严重后果可能导致男性不育，女性不孕。
不要频繁交替使用大量高效抗生素，这样会导致耐药性的产生，甚至导致霉菌二重感染。
在治疗过程中注意饮食禁忌。大量的烟酒、辛辣等饮食刺激性导致炎症复发或缠绵难愈，因此在治疗过程中应不饮酒，少吃或不吃辛辣刺激食物。最后，治愈前不应有性生活。性生活不但可能导致对方感染，还可能会使治疗前功尽弃。在性生活中，由于泌尿生殖道的充血，炎症很容易发展，甚至于进一步感染内生殖器。治疗上，男性建议口服中药“
利尿消炎丸”，同时夫妻同时治疗，女方口服中药“
妇炎丸”。
