男性衣原体阳性主要表现为尿道内不适，刺痛及烧灼感，并伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿痛较淋病为轻。尿道口轻度红肿并有浆液或粘液脓性分泌物，稀薄而量少，长时期不排尿或早晨首次排尿前可见尿道口分泌物污染内裤，并可见尿道口有“糊口”现象；分泌物少时，于晨起挤压尿道才流出少量粘液。合并
膀胱炎时可有血尿；无症状性非淋菌性尿道炎，约30-40%病人症状不典型或根本无症状。约1/3左右的淋球菌尿道炎病人合并沙眼衣原体感染，淋病治愈后又出现尿道炎症状，易误诊为慢性淋病或抗青霉素淋球菌菌株感染.
男性衣原体感染：
1、衣原体感染性尿道炎：症见尿急、尿痛、尿道刺痒或排尿困难，尿道口有粘性分泌物或痂皮。
2、衣原体感染性附睾炎：附睾突然疼痛、增大，疼痛向同侧腹股沟或下腹部放射，可转为慢性附睾炎，患者阴囊坠感明显，偶尔隐痛。
3、衣原体感染性前列腺炎：
衣原体感染引起的前列腺炎，患者尿末滴白，尿后余沥不尽，尿道外口被分泌物粘合，睾丸疼痛，会阴坠胀，下腹痛，腰痛，腹股沟痛等。
