解脲支原体与女性生殖健康关系最为密切，解脲支原体感染可引起泌尿生殖道感染，并被认为是非淋球菌性尿道炎中仅次于衣原体（占50%）的重要病原体。由于80%孕妇的生殖道内带有解脲支原体，因此可通过胎盘感染胎儿而导致早产、死胎，或在分娩时感染新生儿，引起呼吸道感染。此外，解脲支原体还可引起不孕症。
不孕症夫妇的宫颈粘液、精液中解脲支原体培养阳性率高达50%以上，由此可见，解脲支原体感染与不孕症的发生有相关关系。解脲支原体感染造成不良的另一个原因是流产，有人从流产的组织中检查出解脲支原体的阳性率高达40%以上。因此，对不明原因的流产，尤其是多次流产者，应考虑有解脲支原体感染的可能。解脲支原体感染造成的不完全梗阻的输卵管炎性粘连，可使管腔狭窄，通而不畅，还是发生宫外孕的重要原因。
对于生殖道解脲支原体感染的治疗，必须权衡利弊，慎重进行，不可过于积极。对解脲支原体感染者配偶或性伴的治疗也同样要慎重，关键是要针对可能合并存在的其它性病病原体感染。有许多解脲支原体感染者，长期使用抗生素治疗，但解脲支原体检查依然阳性，而且还出现了许多新的不适。究其原因，极为复杂，解脲支原体耐药、检测错误或试剂不过关、二重感染（长期应用抗生素者容易出现真菌、其它不敏感细菌感染）、心理因素等均可能存在其中。
近来，解脲支原体对抗生素的耐药性问题已引起多方注意，滥用抗生素可能是导致解脲支原体耐药的重要因素。解脲支原体对四环素的耐药株占10%～20.6%，对多西环素的耐药株占8%～27.5%,对红霉素的耐药株占10%～52.4%。解脲支原体和人型支原体对氧氟沙星的耐药株占近20%。
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