男性患者如果感染了衣原体，其症状首先表现为尿道炎，尿道内可能有刺痛以及烧灼感，可看到尿道口轻度红肿，并有粘液般的分泌物流出，有时会污染内裤，同时可能伴随一定程度的尿痛、尿频、尿急。有相当部分病人此时的尿道炎症状反应也许并不明显，或者毫无症状。
当衣原体感染尿道炎出现症状后，如果不能及早治疗，或者治疗不彻底而没能真正治愈，那么衣原体还将进一步作恶，危机整个男性泌尿生殖系统。
通常情况下，男性衣原体感染将会进一步导致膀胱炎、前列腺炎、睾丸炎、附睾炎，最终威胁男性生育能力。
男性衣原体感染持续扩散会合并膀胱炎时，伴有血尿症状；累及前列腺时，前列腺肿大，尿道、会阴、肛门处出现钝痛或者触痛，可能影响性功能；累及附睾时，附睾肿大、变硬，有触痛感；累及睾丸时可导致睾丸痛，阴囊水肿，在身体内部可能导致输精管钙化等。任何继发症最终都可能导致男性不育。
衣原体感染的病因多是因为性接触感染，丈夫如果表现出衣原体感染的症状，最好妻子也一同进行治疗。
