很多患者衣原体感染后往往是久治不愈，有些虽然暂时的好转了，但复发也随之而来，给患者带来极大的痛苦，始终都无法给予彻底治疗。都是些无效的治疗，或者是治疗效果甚微。其实照成这种后果的关键是在治疗衣原体感染的过程中没有抓住关键。
治疗衣原体感染的关键首先是要控制再次感染。衣原体具有很强的传染性，特别是通过性传播，因此一般夫妻双方只要有一方检查出了衣原体阳性，那么另一方的感染可能就很难避免了，但这往往被患者及其配偶所忽视，那么就造成了一方治愈，再次被另一方感染的可能性很大，形成反复感染，衣原体病原体的耐受性更强，更加难于治疗；
其次，选择治疗衣原体途径也是关键。治疗无非就是西医或者中医，其实二者各有优势，但客观的说，对待像衣原体这样顽固的病原体，往往是中医更加占优势，西药运用抗生素治疗，但长期的应用势必会造成衣原体的耐药性，而且会破坏其他正常菌群，导致其他新的病变的发生，如女性的霉菌性阴道炎。这样反而是得不偿失。但运用中药治疗就不同了，中药尤其天然的优势，不会产生耐药性，也不会破坏人体的菌群平衡，在用药上患者也可以少很多的后顾之忧；
再次，就是选择正确的药物了。上面说到中药的优势，但并不是说只要运用中药就会有效果，治愈了疾病才是事实。那么，选择治疗衣原体感染的关键药物，既要以清热解毒为基础，又要以治疗因衣原体感染的合并症状为辅。治疗男性衣原体感染及男女泌尿系统感染用“
利尿消炎丸”女性衣原体感染用“
妇炎丸”才能以最快最有效的方法解决衣原体感染带来的危害，因此，衣原体感染要及时治疗，有效果的治疗。
