根据多年的临床观察及实验结果，衣原体感染和支原体感染具有很高的传染性。男性表现为尿道炎、睾丸炎、附睾睾丸炎等病变；女性主要表现宫颈炎、尿道综合征以及盆腔炎症性疾病。
衣原体的发病在规定报告的地方、在那些经常开展普查的高危人群中及有可靠实验室检查的地方较多。在西方工业化国家，这种普查相当普遍。衣原体是最常见的可治愈的性传播疾病。在美国每年报告起码有400万病例，欧洲也起码有300万病例。亚洲的数据不太完整,但也足以证明在男性和女性尿道炎致病菌中,衣原体要比淋球菌更为常见。
女性中隐匿性宫颈炎可以上行到上生殖道而导致并发症。的确，衣原体性内膜和输卵管感染很大部分是临床的。隐匿性输卵管感染据认为是输卵管性不孕症的最常见病因，在北欧和美国已得到有关数据的证实。衣原体在输卵管性不孕症中的作用，可以从先前感染史中得到证实。许多研究表明，在有输卵管疾病的不孕妇女中，血清抗原阳性率显著高于输卵管无损伤的妇女。
在衣原体感染及支原体感染后，出现的一系列生殖系统感染病症，从发病过程及致病原因，都符合性病的基本条件，因此，治疗上都必须夫妻双方同治，治疗期间暂停房事，避免交叉感染。
