衣原体是类似于细菌或病毒的一种微生物。它可以引起大多数妇女的宫颈炎和男女两性的尿道炎，直肠炎和咽炎的性传播致病体已被确认。因此以前将这类非淋球菌性感染称为非特异性尿道炎和非淋球菌性尿道炎是不确切的。在美国，这类性传感染可能是最常见的性传病。致病体包括沙眼衣原体(引起约50%的非淋球菌性尿道炎和大多数非淋球菌性粘液脓性宫颈炎)，生殖支原体和溶尿脲原体。但某些病例的致病体仍不明。
在男性，尿道炎的症状常在交媾后的第7～28天出现，往往有轻度尿痛和尿道不适，伴有清亮至粘液脓性分泌物。虽然分泌物不多，症状轻微，但往往在清晨症状较明显，因这时尿道口的壁常被粘稠变干的分泌物粘住。检查时可见尿道口发红，内裤可染有变干的分泌物。偶尔也可起病较急，可有尿痛，尿频和类似典型淋球菌性尿道炎的大量脓性分泌物。直肠和口-生殖器接触后，可发生直肠炎和咽炎。
在女性，虽可有阴道分泌物，尿痛，尿频，盆腔痛，交媾困难，直肠炎及咽炎症状，但大多妇女患者是无症状的。伴有黄色粘液脓性渗出物的宫颈炎和宫颈异位(发红的子宫内膜柱状上皮伸展至宫颈的阴道表面)是具有特征性的。
