子宫内膜异位症的症状会随着异位内膜的部位不同而表现不同，并且与月经周期有着密切关系。
1、痛经：是常见而突出的特征，多为继发性，即以往月经来潮时不疼痛，从某一个时期开始疼痛，可发生在月经前、月经期以及月经后。月经周期越长，疼痛就会越厉害。由于雌激素水平不断升高，异位的子宫内膜就会增生、肿胀，如果再受孕激素的影响还会出血，刺激局部组织，引起疼痛，月经过后，异位内膜逐渐萎缩疼痛也就消失了。此外，盆腔的子宫内膜异位，还可能发炎，从而产生前列腺素、激肽和其他肽类物质引起疼痛，但疼痛程度往往不能反映出疾病的严重程度，大约有25%的患者并不痛经。
2、月经量过多：部分子宫内膜异位症患者，月经量往往增多，经期延长，它是由于内膜增多的缘故，多数人还伴有卵巢功能失调的问题。
3、不孕：约有50%的子宫内膜异位症患者会有不孕的问题。异位的子宫内膜会造成输卵管周围粘连，影响输卵管腔堵塞。此外，异位的子宫内膜会影响排卵的正常进行，进而造成不孕，一旦怀孕异位内膜就会受到抑制而萎缩，是一种很好的治疗手段，子宫内膜异位症也会导致习惯性流产。
4、性交疼痛：子宫内膜异位患者在性生活时常会发生性交疼痛，特别是在月经前比较厉害，因为跑到子宫直肠窝、阴道后穹窿、宫骶韧带等部位的子宫内膜，会导致周围组织的肿胀而影响性生活。
5、经期或月经前后腹痛：常见原因是卵巢子宫内膜异位囊肿破裂，如果囊肿扭转就要急诊手术。如果没有手术而暂时好转，盆腔粘连会进一步加重，以后囊肿还会反复发生破裂导致急性腹痛。
6、周期性下腹部不适：非常常见，尤其是那些没有痛经症状的患者，仅有经期腰酸，下腹坠胀等不适感。
7、大便坠胀：一般发生在月经前或月经后，患者感到粪便通过直肠时疼痛难忍，而其他时间没有这种症状，这是直肠子宫窝以及直肠附近子宫内膜异位症的典型症状。
8、膀胱症状：如果子宫内膜跑到膀胱，患者就会出现周期性尿频、尿痛症状，如侵犯膀胱粘膜，可发生周期性血尿。
