男性患者
非淋球菌性尿道炎(NGU)一些研究证实，男性NGU的病因是沙眼衣原体。潜伏期一般为1~3周。典型的症状为尿道刺痒，伴有或轻或重的尿急、尿痛及排尿困难，但症状比淋菌性尿道炎为轻。在较长时间不排尿或清晨首次排尿前，尿道外口可逸出少量粘液分泌物，有时仅表现为痂膜封口或裤裆污秽，稍不细心则痂膜易被尿流冲失。有些病人可无任何症状，由于发病缓慢，症状不典型，约50%的病人在初诊时被误诊。
女性患者
女性患者的临床表现不如男性患者典型，因此诊断常很困难。开始时常无症状，如有症状，则常为合并阴道滴虫或白念珠菌感染的症状。有些妇女不发生症状，但她们可以是衣原体携带者，并可通过性接触使其性侣受传染，但这些妇女可在任何时候发病。
新生儿衣原体感染
母亲患衣原体感染，35-50%新生儿在通过产道时可发生眼部感染。常出现于出生后7-14天，分泌物为粘液性或缺如，2/3病例为单侧发病，病程多为自限性，早期经适当的治疗，一般不会发生并发症，但可见到慢性持续性病例，反复发作可有瘢痕形成，导致视力丧失
