男性支原体衣原体感染的情况临床主要支原体衣原体非淋性尿道炎、附睾炎、支原体衣原体前列腺炎等，因此临床男性支原体衣原体感染的治疗主要也是包括了这两块。男性支原体衣原体感染的情况及早发现、经过正规、专业、规范的治疗，是可以彻底治疗好的。
男性支原体衣原体的治疗应从以下几个方面治疗：
1、传统治疗和临床抗生素的滥用导致治疗无效。传统治疗方法以抗生素治疗为主，但由于抗生素的滥用，耐药性增加，并病原微生体的杀灭作用有限，使得病原微生体复制变异出现与治疗相对应的克性新特性。
2、衣原体支原体类型多、患者病情各异，不能千人一方。衣原体支原体有多种不同类型，每型和每位患者的患病情况不一，治疗也应该遥相对应，尤其是支原体衣原体的特殊类型。但实临床中的不规范治疗，忽视了它们的特殊性，千人一方眉毛胡须一把抓，延误病机，导致迁延难愈。
3、病原微生体附着或在细胞内繁殖，难杀彻底灭。支原体和衣原体的生长繁殖不是附着于人体正常的细胞组织上，就是寄生在正常的细胞内，是的药物等传统疗法很难对杀灭，即使杀灭对正常组织细胞造成损伤。而且他们的幼生体初期不具感染力，不容易被杀灭。
4、抑制免疫系统，释放外毒素等危害性强且并发症多。支原体衣原体在发病时对免疫系统有一定的抑制，使得免疫系统对疾病的防御和对病原微生体的吞噬功能减弱。致病微生体所释放的外毒素等对泌尿生殖器官的损害性强，容易导致不孕不育，男性容易并发发生前列腺炎，尿道炎。
许多人都担心衣原体感染好不好治，患者不要有太大的心理负担，目前治疗衣原体感染的方法还是不少的，只要患者积极配合，早发现早治疗，衣原体感染是完全可治好的。
