支原体衣原体的感染是非常漫长的，症状比较轻微，有的患者基本上没有症状，所以导致病程比较长，很长一段时间才能发现，他不是在短时间就会发生，可能经过很长一段时间发现，所以支原体衣原体就感染到了其他的组织器官，不不仅限于尿道，这样的情况下，治疗就需要很长的时间。
一般如果说治愈的话不应该复发，为什么经过治疗以后再一复查还是有？
支原体衣原体感染经治疗后复发的主要原因有：
一、用药不规范，用的量可能不够，或者时间不够，导致支原体衣原体并没有被完全杀死，等我们停药以后，支原体衣原体又在体内重新复制繁殖，导致支原体衣原体又感染到人体的组织器官，
二、夫妻没有同治。就是说他治疗的时候，他是不是做到了性伴侣之间的同时治疗，因为我们治疗性病，比如说梅毒、淋病，包括尖锐湿疣这些病，我们都要求性伴侣之间一定要同时治疗，不然的话，你只自己治疗以后，你的性伴侣没有治疗，你们俩再接触的时候还会被传染回来，就像乒乓球似的感染，很多患者没有注意到这些，他只注意自己的治疗，对性伴侣忽视的治疗，再一接触，又重新感染，这也是导致支原体感染以后，又经过复查以后又发现支原体的一个原因，实际上这个不应该叫复发，实际是一个重新感染，他不是复发，所以有这两大原因造成了支原体衣原体治疗比较困难，也就是我们临床上说的复发。
三、有用药的问题，支原体、衣原体比较复杂，而且分类也比较复杂，支原体分型比较多，常见的引起泌尿生殖系统的有三种支原体-- 解尿支原体，人形支原体，生殖支原体。这三大类本身每一类里又分很多亚型，这些亚型中在正常的生殖道中是可以存在的，就是说在正常情况下，他也是可以存在的，所以这样的情况下，我们目前的检验水平还不足以检测到每一个亚型，比如说生殖支原体他有几个亚型，我们不足以检测到哪一个亚型致病。
不只是亚型的问题，衣原体、支原体他有一定的条件致病菌，他在一定条件下可以导致人体患病，比如说在正常情况下，他本身是个正常生殖道存在的，比如一种亚型在正常生殖道是可以存在的，而且是不致病的，如果得了淋病，破坏了生殖道的环境，导致了支原体的增生，这样就导致了疾病，所以这样的情况下，就导致支原体衣原体比较难治疗。
