衣原体对作用于细胞壁的药物耐药，如青霉素类、万古霉素、杆菌肽，对于抑制膜蛋白和胞浆蛋白合成药物敏感，如四环素、红霉素等。因此可以用这些治疗衣原体感染引起的疾病。
首先四环素类，四环素500mg每日4次，连服7天，或用强力霉素100mg每日2次，连服7日。对四环素禁用或耐受性差的患者，可改服红霉素500mg，每日4次，连服7日，复方新诺明亦有效。
另外近年来新开发的对各领域的感染症广泛使用的新药喹诺酮类，在治疗衣原体方面临床效果较好，其中常用的药物有氧氟沙星（OFIX），环丙沙星（CPFX），洛美沙星，利福平治疗效果也较好。
治疗中应注意的问题：
（1）从目前临床观察来看用喹诺酮类药物比应用四环素类药物为好，因为患者多数有淋球菌或其它合并感染。
（2）治疗时间2-3周为宜。衣原体繁殖周期为48-72小时，寄生在细胞内，药物渗入细胞内的浓度一般较低。所以治疗时间需要长些。
（3）在男女感染后无症状或症状轻微者，可视为带菌者，应接受正规治疗。对患者的性伴要同时治疗。
（4）联合用药：四环素类+喹诺酮类 红霉素类+喹诺酮类 四环素类+利福平 喹诺酮类+利福平
