阴茎的大小与生育力并无直接关系，但畸形则可影响性生活或射精而造成不育。勃起时阴茎畸形可以是纤维性海绵体炎或尿道下裂所引起，纤维性海绵体炎国内发病率较低，且大多发生于40岁以后，继发于尿道下裂时阴茎畸形较常见，但畸形的范围在阴茎萎软状态下不易测定，门诊常不能观察勃起状态，通常只能通过性交困难史或在家中作阴茎摄影来观察，若决定作手术纵正可在术前阴茎内输注盐水使人工勃起以确定畸形的范围。
包皮应上翻观察，若有包茎或尿道外口狭窄可妨碍射精或产生性交疼痛而造成不育，最好能手术切除，以保证排尿通畅。过去曾作过尿道成形术者，因为重建尿道只有皮管而无肌肉复盖，故可造成射精障碍。
睾丸应评定睾九的大小及坚实度，并检查睾丸有无浸润、鞘膜积液及肿瘤等。睾丸主要由曲细精管所组成，所以睾丸大小与精子发生之间有一定联系，而睾丸的坚实度与精液中精子密度及椭园形头精子的百分比也呈显著正相关。
睾丸大小的测定有两种方法：
1.睾丸模型比拟法用己知容积或纵横径的一系列不伺大小的睾丸模型与受检者的睾丸进行比较，取其中大小与受检睾丸相同的模型即可知道睾丸的大小。
2.睾丸测量尺测定法武汉同济医院自制规式睾丸测量尺，测量时一手扶持被测睾丸，另一手的手指擂入耳孔，将两规脚顶端的半园形接睾点，分别轻轻与被测睾丸的上、下缘相接，便可在刻度上读出其长径值（a），技同法可测定宽径（b）和厚径（c）。
上述二法所测得的体积都比睾丸的实际大小为大，因为测得的体积包括附睾丸及阴囊壁在内。睾丸的坚实度除凭手感经验来估测外，可用具有陶瓷压力传感器探头的测压计，通过测量所得的移动范围经放大而产生压力图像，因而显示其压力值。通常将测压计沿着睾丸前表面上下轴的四个标准部位重复测量10次取得平均值作为最后结果。
