衣原体的治疗一般很少涉及到婴儿，但是并不是没有这样的病例。有些在怀孕期间确诊的衣原体等，造成了直接的母婴传播。所以对于衣原体感染新生儿的治疗需要更加的注意，防止再次伤害。
出生后用1%硝酸银液点眼，或用生理盐水冲洗后，再用红霉素眼药水（膏）点（涂）眼。并加强监护，密切观察。
如患有CLT肺炎或其他部位感染者应加强治疗。但婴儿服用红霉素应慎重，最近发现新生儿服用红霉素与发生肥大性幽门狭窄密切相关。后者多在出生后第2一3周开始，逐渐加剧。出现持续性喷射状呕吐，呕吐物全系奶块，无胆汁，不影响患儿食欲，有时可在腹部触及橄榄形包块，必要时通过X线钡餐检查确诊，大多须手术治疗。
护理要点：
（1）做好卫生宣教：向病人宣传该病的卫生知识、及给病人与社会带来的危害。
（2）切断传播途径。杜绝传染源。
（3）休息：急性期注意休息；取半卧位有助于分泌物引流，应注意劳逸结合，增加营养，锻炼身体。
（4）加强卫生保健，注意胎儿生长。
